2013年11月23日

パッケージ(ライブラリ)のインストール先の設定(Windows版)

GUI版で使うだけならデフォルトのままで問題はなかったのですが、 cygwin shell から rscript で R を使うときに、library の指定を きちんとしていないと、インストールした library が使えないとわかった。 rscript に引数渡しをしなければならないようだ。 これは面倒なので、library ディレクトリをひとつにしてしまうことにした。 そこで、GUI版の library のインストールディレクトリを設定し、 後からインストールするパッケージが全て library ディレクトリに入るようにした。

プロパティの変更したところ

旧: "C:\Program Files (x86)\R\R-2.10.1\bin\Rgui.exe" 
新: "C:\Program Files (x86)\R\R-2.10.1\bin\Rgui.exe" R_LIBS="C:\PROGRA~2\R\R-210~1.1\library"

cygwin shell から使うときに library の directory を指定するという手もあるのだろうけれども、 アップデートのときのメンテナンスを容易にするためにも、 気にするディレクトリはひとつのほうがいいだろうと思ったのでした。
Windows に特化したワザが必要というのが何とも悔しい気も……。

http://cse.niaes.affrc.go.jp/miwa/ja/R/packages/index.html を参考にしました

Windows版のアップデート

http://d.hatena.ne.jp/bob3/20120520 を参考にしました。

2011年6月3日

普段使いのノートパソコンを働かせ続けると不便なので、 大学のサーバでRを使いたくなった。 しかし、デフォルトではインストールされていないので、 home directoryにインストールした。

のめもらんだむです。

OSはSUSE Linux

マシン:仮想サーバ

OS:

SUSE Linux Enterprise Server 11 (x86_64)
VERSION = 11
PATCHLEVEL = 0

「/etc/SuSE-release」より

sshでログインして操作する。
よってX Window環境などは不要。
グラフを作るだけなら、ノートパソコンのウィンドウズでそんな負担にはならない。

インストール

http://oku.edu.mie-u.ac.jp/~okumura/linux/?R を参照しました。

˜/myR> にインストールしました。

~/myR>ftp http://cran.md.tsukuba.ac.jp/src/base/R-2/R-2.13.0.tar.gz
~/myR>tar xvzpf R-2.13.0.tar.gz
~/myR>cd R-2.13.0
~/myR/R-2.13.0>./configure --with-x=no --prefix=$HOME --with-readline=no
* --with-x=no:Xは使わない(実際は使えない)
* --prefix=$HOME:一般ユーザとしてhome directoryにインストールなので
* 以上の2つは、奥村先生のページのインストラクションのとおり
※ 「--with-readline=no」を付けないとconfigureエラーになった
~/myR/R-2.13.0>make
~/myR/R-2.13.0>make install
~/myR/R-2.13.0>make check
※ ちょっと時間が掛かる
「[test-Internet]Error 2 (ignored)」と出たが問題なさそう

動作テスト

~/myR/R-2.13.0>cd ..
~/myR>mkdir
~/myR>cd rwork
~/myR/rwork>R

※Rが動いた!

> mydata <- matrix( c(4,6,3,4), nr=2)
> fisher.test( mydata )

ちゃんと計算してくれた。よしよし。

しかし……、Back space キーが使えない。
これは「--with-readline=no」を付けて configure → make したから、たぶん。*1

動作テストその2

下のようなRコマンドファイル(mytest.R)を作る

sink("out.txt")
mydata <- matrix( c(4,6,3,4), nr=2)
fisher.test( mydata )
sink()

source()で読み込んで実行

> source("mytest.R")

out.txtは空っぽ。

う〜ん、source()がこれまでと同じようには上手く動かない。
バージョンの違い?それともウィンドウズ用との違い?

mydata と打ち込むとデータが表示されるので、読み込んではいる。
ファイル入出力操作かコンソールへの表示に問題あり。

解決策:「echo=TRUE」を付けるとよさそう。*2

> source("mytest.R", echo=TRUE)

とすれば、ファイルに出力されるのを確認。

とりあえず、これで最低限のチェックはできた、と思う。

2011年6月15日

バックグラウンドで実行

奥村先生のページ http://oku.edu.mie-u.ac.jp/~okumura/stat/first.html より

 nohup R CMD BATCH hoge.R &
 出力は hoge.Rout にされます。
Today:2Yesterday:1Total:130097 since 03 June 2011

*1 例えばhttp://x68000.q-e-d.net/~68user/unix/pickup?readline を参照。行入力支援ライブラリで、行頭・行末移動」「ヒストリ機能」などを提供、だそう。これがないので、いろいろ不便
*2 http://www.okada.jp.org/RWiki/?%A3%D22.0.0%A4%CE%BF%B7%B5%A1%C7%BD%A1%A6%CA%D1%B9%B9 に「source() with 'echo = TRUE' uses the function source attribute when displaying commands as they are parsed」とあるのを見つけて

トップ   編集 凍結 差分 バックアップ 添付 複製 名前変更 リロード   新規 一覧 単語検索 最終更新   ヘルプ   最終更新のRSS
Last-modified: 23 Nov 2013 (土) 15:32:47 (2252d)