R_base の変更点 - Tomaru's Wiki

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#author("2019-07-21T10:21:37+09:00","","")
#contents

* Rの基本的な機能 ＆ tips [#je115281]

** R 本体（Windows版）のアップデート [#jb05f73b]
RIGHT:22 October 2017

[[Updating R from R (on Windows) &#8211; using the {installr} package>https://www.r-statistics.com/2013/03/updating-r-from-r-on-windows-using-the-installr-package/]]~
[[Windows用Rのバージョンアップ>http://d.hatena.ne.jp/ryamada/20140522/1400554341]]

  install.packages("installr")
  library(installr)
  updateR() 

** Object の調査：str() [#l844a153]
RIGHT:21 March 2018

str() 関数はいろいろできるらしいのだけれど……
 str(obj)

** 数の扱い [#qcb24dbc]
*** 二進数 digitsBase() [#dfd4d46b]
RIGHT:23November2013

10進数を二進数のベクトルに変換する~
パッケージ sfsmisc のインストールが必要

 > library(sfsmisc) 
 > mydigits <- digitsBase(1101, base=2)
 > mydigits
 Class 'basedInt'(base = 2) [1:1]
       [,1]
  [1,]    1
  [2,]    0
  [3,]    0
  [4,]    0
  [5,]    1
  [6,]    0
  [7,]    0
  [8,]    1
  [9,]    1
 [10,]    0
 [11,]    1

 > mydigits <- digitsBase(1101, base=2,13) ← ベクトルの長さを指定したいとき


二進数に限らず利用できる
 
*** 重複しないランダムな数 sample() [#x92342f2]
RIGHT:23November2013

 > sample(0:20,3)
 [1]  0 11  6
0から20のうちランダムに3つの数字を重複せずに取り出す

*** 数値の切り捨て [#dd710a0a]
RIGHT:21 March 2018

万能ではないかもしれない~
さらに、これは、車輪の再発明になっているかもしれない
（が、round down が見つけられなかったのよ）

sprintf を使うと、round されてしまう~
統計量は round ではなく切り捨てがよいことも多いので
（四捨五入したら有意になってしまうかもしれない((そもそも、そんな微妙なデータでものを言うのは危ないので避けるべき。サンプルサイズを増やすか、データの取り方を考え直すかなどすべき))）、
文字列の操作とすることにして round down を実現する~
文字数を数えて、最終的な文字列の長さを決める~
元々の小数点以下桁数がわからないものを、小数点以下 dp桁に切り捨てる~
マイナス記号が付くと文字列が長くなるので……~
関数化しておくとよいのはわかるけれど、
後々のメンテナンスを考え（ブラックボックス化すると面倒なので）
関数化はしないでおく((コピー＆ペーストのミスの可能性は高まるので注意は必要))~
切り捨て桁（dp）がデータより小さい場合でも 0 fill はしません

作ってはみたものの、今のところ使い途がない気がしている……

 mynum <- -0.052745
 dp <- 3 # decimal places 小数点以下
 # dp <- 9
 mynumchar <- as.character(mynum)
 if(mynum < 0) {
     minusvalue <- 1
     mynum <- round(-1 * mynum)
 } else {
     minusvalue <- 0
     mynum <- round(mynum)
 }
 if( (mydigit <- log10(mynum)+1) < 0 ){ mydigit <- 1 }
 mynum <- as.double(substr(mynumchar, 1, (minusvalue+mydigit+dp+1)))
 # -0.052 になる 
 # dp <- 9 のときは元の -0.052745 になる



** 文字列 [#a747c8b5]
*** 文字列の一致を検査：!is.na(match()) [#y9bdb470]
RIGHT:21 March 2018

文字列が一致のときは、match が integer の 1 を返す~
文字列が不一致のときは、match が integer の NA を返す~
NA は FALSE の代りにはならないので、is.na() を利用~

 if(!is.na(match(myed1, myed2)){
     # 一致したときの処理をココに
 }


*** 文字列の表示：cat() [#i2f43c4a]
RIGHT:21 March 2018

cat は concatenate （結合、連結）であって猫ではない（← お約束事として書いておく）
 cat("\n
 All Data: Courtship Latency > 4
 \n")


*** 文字を置換：sub() gsub() [#wb40a0fa]
RIGHT:23 March 2018

mystring は、list でも、dataframeの要素でもよい~
gsub は、同じ文字列に繰り返し適用~
正規表現が使えるらしい~

 mystring <- sub("Re", "", mystring)
 mystring <- gsub("-", "/", mystring) # - を / に変える
 mystring <- gsub(".", "", mystring) # 全ての文字を消す


*** paste()関数 [#yd668da7]
RIGHT:20 July 2019

文字列の結合をするにはこれ~
cat ではない！~
デフォルトのセパレータは空白。指定するときは、sep= で

 paste("char1", "char2", "char3", "char4")
 # "char1 char2 char3 char4"
 paste("char1", "char2", "char3", "char4", sep="")
 # "char1char2char3char4"


*** list() [#x379afb8]
RIGHT:20 July 2019

様々な object を格納できる。入れすぎると使い勝手は悪くなるけども。~
下の例では、2&times;2分割表のデータと検定結果を格納

 mydata <- matrix(c(4,6,3,4), nr=2)
 library(exact2x2)  #fisher.exact()
 library(Exact)     # exact.test()
 library(DescTools) # GTest()
 mylist <- list(mydata,
                fisher.exact(mydata,midp=TRUE),
      	   	fisher.exact(mydata),
      		fisher.test(mydata, workspace=20000000),
      		exact.test(mydata, to.plot=FALSE), # Barnard's exact test
      		chisq.test(mydata),
      		chisq.test(mydata, correct=FALSE),
      		GTest(mydata,correct="williams"),
      		GTest(mydata) # correction is NOT in default
               )


** 出力 [#y4a37c9a]
*** ファイル出力：sink() [#wfe082b3]
RIGHT:21 March 2018

 sink("out.txt")
 # この部分のコマンドの結果がファイル出力される
 sink()

*** pdf出力：pdf() [#lb11e9db]
RIGHT:21 March 2018

サイズを黄金比 \(\left(1:\frac{1+\sqrt{5}}{2}\right)\) にしてみた
 pdf("myout.pdf", width=(7*(1+sqrt(5))/2), height=7, pointsize=5)
 # この部分の描画の結果が出力される
 dev.off()

*** 表形式の出力：write.table() [#c64c4c66]
RIGHT:20 July 2019

データなどをダブルクォーテーションで囲まず、タブ区切り、
カラム名と行名入り、上書き

 write.table(
     mydata,
     "myout.txt",
     quote=FALSE,  # ダブルクォーテーションで囲まない
     sep="\t",
     row.names=TRUE,
     col.names=TRUE,
     append=FALSE  # 上書き
            )


** ほかの関数 [#t88166c4]

*** 例外処理：try() tryCatch() [#hf25441b]
RIGHT:20 July 2019

何らかの関数がエラーが出る場合を含むとき、
そこで処理が止まってしまうと困る、
そんなときに

 try(何らかの関数)
 tryCatch(
          {何らかの関数}
          , error = function(e){return("")}  # e にはエラーメッセージが格納されている
	 ) 


*ESS [#uf310d46]

Emacs Speaks Statistics：Emacs で R を使う~
Emacs には後からインストールをする必要あり~
[[install-memo5.1]]を参照


** ESS起動 [#nc982a71]
RIGHT:03 Oct 2005

 M-x R
コマンド入力後
 C-c C-j
 C-m （改行）
で、１行ずつコマンドを実行する。

*コマンドメモ [#w5e24b5d]
RIGHT:30 March 2004

 > q() ← quit
 > source("commands.R")  ← コマンドを書き込んだソースを読み実行
 > sink("out.txt") ← ファイルに出力
 > sink() ← 出力をコンソールに戻す
 > objects() ← 現在あるオブジェクトを表示
 > mydata <- read.table("data.txt", header=TRUE) ← ファイルからデータを読み込む
 > library(ctest) ← ライブラリを使う
 > t.test(A, B) ← t検定（unpaired）。※ A、Bにはデータを入れておく
 > var.test(A, B) ← F検定
 > t.test(A, B, var.equal=TRUE) ← t検定、等分散
 > wilcox.test(A, B) ← U検定（＝Wilcoxon test）
 > ks.test(A, B) ← Kolmogorov-Smirnov test
 > getwd() ← working directoryの表示
 > setwd("c:/cygwin/home/tomaru/stats") ← working directoryの変更

追記 12 July 2013
 > length(X) ← データの数
 > mean(X) ← 平均
 > sd(X)/(length(X)^0.5) ← 標準誤差

追記 22 February 2015~
 > help.start() ← htmlヘルプを起動

**コマンドラインで利用する（Windows） [#v5430009]
RIGHT:05September2013

cygwin shell または、コマンドプロンプトで
 rscript command.R
 rscript command.R & ← バックグラウンドで実行する場合

※ pathを通しておかなければなりません（MS-DOS！のようですが）。

参考：[[R の入出力画面を経由せずに実行：他のプログラムからの呼び出し:http://takenaka-akio.org/doc/r_auto/chapter_14.html]]

*Rのリンク [#fd0daed0]

- [[RjpWiki>http://www.okada.jp.org/RWiki/]]


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