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#contents
*survival analysis (11 April 2004)[#h9e1c007]
ショウジョウバエの配偶行動を見るときに、観察時間内に交尾しないものがある。そこで、交尾したものを「dead」、交尾しなかったものを「survive」とみなしてsurvival analysisを行う。
Kaplan-Meier estimatorを計算
> library(survival)
> mydata <- read.table("data.txt", header=TRUE)
> mydata
> sink("out.txt")
> myfit <- survfit( Surv(Time, Copl)~Age, data=mydata)
> myfit
> summary(myfit)
プロット
> plot(myfit)
Log Rank test
> survdiff( Surv(Time, Copl)~Age, data=mydata)
データの形式~
Copl=1は交尾。Copl=0は交尾せず(ここでは観察時間が120)。
Age Time Copl
2 41 1
.
.
.
2 120 0
.
.
.
- ''Tomaru, M.'', Oguma, Y. & Watada, M. 2005. Courtship in '''Drosophila quadrilineata''' with a unique male behavioral element, abdomen bending. Journal of Ethology. published online 12 October 2005.[[doi: 10.1007/s10164-005-0172-4:http://dx.doi.org/10.1007/s10164-005-0172-4]]
- ''Tomaru, M.'', Oguma, Y. & Watada, M. 2006. Courtship in '''Drosophila quadrilineata''' with a unique male behavioral element, abdomen bending. Journal of Ethology. 24: 133--139. [[doi: 10.1007/s10164-005-0172-4:http://dx.doi.org/10.1007/s10164-005-0172-4]]
**データの扱いについてのメモ 11 July 2011 [#u9273631]
mytabledf <- data.frame(summary(myfit)$table)
とすると、myfit の出力テーブルがデータフレームになる。
str(mytabledf)で何が含まれているか分かる(records, n.max, n.start, events, median, X0.95LCL, X0.95UCL です)。
そこで、例えば、
mytabledf$median
で、(Kaplan-Meier estimate の)median だけが出てくる。
*Comparing Regressions [#md8494d1]
**異なる条件下で得られた複数の回帰直線を比較する(01 February 2008) [#rda59cbd]
-傾きに差はある?
-切片に差はある?
長くなったのでこちら -> [[複数の回帰直線の比較>R_ComparingRegressions]]
*Contingency Table [#t9c03134]
**Fisher test (03 Oct 2005) [#te11009a]
> mydata <- matrix(c(4,6,3,4), nr=2)
> fisher.test(mydata)
**Fisher test for 2 by n (17 September 2010) [#kb93275c]
> mydata <- matrix(c(15,19,10,15,3,8,3,3,9,2,2,0,1,3,2,4,9,7,5,7,4,10,4,4,2,2,4,2,2,1), nr=15)
> mydata
> fisher.test(mydata, workspace=20000000)
workspaceを大きく取らないとデータによってはエラーになる場合がある
*ノンパラメトリック検定 [#t1badf9b]
**Kruskal-Wallis test (09 May 2004) [#a267b855]
3つ以上の$Ageの$Durationについて検定。Kruskal-Wallis検定の後に、ペアワイズでWilcoxon Rank Sum Test(=U検定)をする。おまけで最後に分散分析。
> sink("out.txt")
> mydata2 <- read.table("data2.txt", header=TRUE)
> mydata2
> summary(mydata2)
> kruskal.test(mydata2$Duration, mydata2$Age)
> pairwise.wilcox.test(mydata2$Duration~mydata2$Age)
> summary(aov(mydata2$Duration~mydata2$Age))
データの形式
Age Duration
Age2 6
.
.
.
- ''Tomaru, M.'', Oguma, Y. & Watada, M. 2005. Courtship in '''Drosophila quadrilineata''' with a unique male behavioral element, abdomen bending. Journal of Ethology. published online 12 October 2005.[[doi: 10.1007/s10164-005-0172-4:http://dx.doi.org/10.1007/s10164-005-0172-4]]
- ''Tomaru, M.'', Oguma, Y. & Watada, M. 2006. Courtship in '''Drosophila quadrilineata''' with a unique male behavioral element, abdomen bending. Journal of Ethology. 24: 133--139. [[doi: 10.1007/s10164-005-0172-4:http://dx.doi.org/10.1007/s10164-005-0172-4]]
*パラメトリック検定 [#ta052279]
*データのまとめ (09 May 2004) [#xaf6ba55]
各$Ageの$Durationについて、
データのまとめ、平均、標準偏差の出力。~
> sink("out.txt")
> mydata <- read.table("data.txt", header=TRUE, fill=TRUE)
> mydata
> summary(mydata)
> mean(mydata, na.rm=TRUE)
> sd(mydata, na.rm=TRUE)
データの形式
Age2 Age4 Age6 Age8 Age10
9 6 7 4 8
.
.
.
- ''Tomaru, M.'', Oguma, Y. & Watada, M. 2005. Courtship in '''Drosophila quadrilineata''' with a unique male behavioral element, abdomen bending. Journal of Ethology. published online 12 October 2005.[[doi: 10.1007/s10164-005-0172-4:http://dx.doi.org/10.1007/s10164-005-0172-4]]
- ''Tomaru, M.'', Oguma, Y. & Watada, M. 2006. Courtship in '''Drosophila quadrilineata''' with a unique male behavioral element, abdomen bending. Journal of Ethology. 24: 133--139. [[doi: 10.1007/s10164-005-0172-4:http://dx.doi.org/10.1007/s10164-005-0172-4]]
*tips [#afeef77e]
**二進数 (23November2013) [#hf255012]
10進数を二進数のベクトルに変換する~
パッケージ sfsmisc のインストールが必要
> library(sfsmisc)
> mydigits <- digitsBase(1101, base=2)
> mydigits
Class 'basedInt'(base = 2) [1:1]
[,1]
[1,] 1
[2,] 0
[3,] 0
[4,] 0
[5,] 1
[6,] 0
[7,] 0
[8,] 1
[9,] 1
[10,] 0
[11,] 1
> mydigits <- digitsBase(1101, base=2,13) ← ベクトルの長さを指定したいとき
二進数に限らず利用できる
**重複しないランダムな数 (23November2013) [#n84fa29a]
> sample(0:20,3)
[1] 0 11 6
0から20のうちランダムに3つの数字を重複せずに取り出す
**行列の特定の数を置換 (23November2013) [#tb5633a2]
x[(x==0)]<-- -1
xという名前の行列の要素のうち、0のものを-1に置換
*ESS [#s80ba893]
** 03 Oct 2005 [#q15bf9ff]
iESS起動
M-x R
コマンド入力後
C-c C-j
C-m (改行)
で、1行ずつコマンドを実行する。
*コマンドメモ (30 March 2004) [#ve4bd0d4]
> q() ← quit
> source("commands.R") ← コマンドを書き込んだソースを読み実行
> sink("out.txt") ← ファイルに出力
> sink() ← 出力をコンソールに戻す
> objects() ← 現在あるオブジェクトを表示
> mydata <- read.table("data.txt", header=TRUE) ← ファイルからデータを読み込む
> library(ctest) ← ライブラリを使う
> t.test(A, B) ← t検定(unpaired)。※ A、Bにはデータを入れておく
> var.test(A, B) ← F検定
> t.test(A, B, var.equal=TRUE) ← t検定、等分散
> wilcox.test(A, B) ← U検定(=Wilcoxon test)
> ks.test(A, B) ← Kolmogorov-Smirnov test
> getwd() ← working directoryの表示
> setwd("c:/cygwin/home/tomaru/stats") ← working directoryの変更
追記 12 July 2013
> length(X) ← データの数
> mean(X) ← 平均
> sd(X)/(length(X)^0.5) ← 標準誤差
**コマンドラインで利用する(Windows) 05September2013 [#q746f9e7]
cygwin shell または、コマンドプロンプトで
rscript command.R
rscript command.R & ← バックグラウンドで実行する場合
※ pathを通しておかなければなりません(MS-DOS!のようですが)。
参考:[[R の入出力画面を経由せずに実行:他のプログラムからの呼び出し:http://takenaka-akio.org/doc/r_auto/chapter_14.html]]
*Rのリンク [#fd0daed0]
- [[RjpWiki>http://www.okada.jp.org/RWiki/]]
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