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#contents
*survival analysis (11 April 2004)[#h9e1c007]
ショウジョウバエの配偶行動を見るときに、観察時間内に交尾しないものがある。そこで、交尾したものを「dead」、交尾しなかったものを「survive」とみなしてsurvival analysisを行う。
Kaplan-Meier estimatorを計算
> library(survival)
> mydata <- read.table("data.txt", header=TRUE)
> mydata
> sink("out.txt")
> myfit <- survfit( Surv(Time, Copl)~Age, data=mydata)
> myfit
> summary(myfit)
プロット
> plot(myfit)
Log Rank test
> survdiff( Surv(Time, Copl)~Age, data=mydata)
データの形式~
Copl=1は交尾。Copl=0は交尾せず(ここでは観察時間が120)。
Age Time Copl
2 41 1
.
.
.
2 120 0
.
.
.
- ''Tomaru, M.'', Oguma, Y. & Watada, M. 2005. Courtship in '''Drosophila quadrilineata''' with a unique male behavioral element, abdomen bending. Journal of Ethology. published online 12 October 2005.[[doi: 10.1007/s10164-005-0172-4:http://dx.doi.org/10.1007/s10164-005-0172-4]]
*Contingency Table [#t9c03134]
**Fisher test (03 Oct 2005) [#te11009a]
> mydata <- matrix(c(4,6,3,4), nr=2)
> fisher.test(mydata)
*ノンパラメトリック検定 [#t1badf9b]
**Kruskal-Wallis test (09 May 2004) [#a267b855]
3つ以上の$Ageの$Durationについて検定。Kruskal-Wallis検定の後に、ペアワイズでWilcoxon Rank Sum Test(=U検定)をする。おまけで最後に分散分析。
> sink("out.txt")
> mydata2 <- read.table("data2.txt", header=TRUE)
> mydata2
> summary(mydata2)
> kruskal.test(mydata2$Duration, mydata2$Age)
> pairwise.wilcox.test(mydata2$Duration~mydata2$Age)
> summary(aov(mydata2$Duration~mydata2$Age))
データの形式
Age Duration
Age2 6
.
.
.
- ''Tomaru, M.'', Oguma, Y. & Watada, M. 2005. Courtship in '''Drosophila quadrilineata''' with a unique male behavioral element, abdomen bending. Journal of Ethology. published online 12 October 2005.[[doi: 10.1007/s10164-005-0172-4:http://dx.doi.org/10.1007/s10164-005-0172-4]]
*パラメトリック検定 [#ta052279]
*データのまとめ (09 May 2004) [#xaf6ba55]
各$Ageの$Durationについて、
データのまとめ、平均、標準偏差の出力。~
> sink("out.txt")
> mydata <- read.table("data.txt", header=TRUE, fill=TRUE)
> mydata
> summary(mydata)
> mean(mydata, na.rm=TRUE)
> sd(mydata, na.rm=TRUE)
データの形式
Age2 Age4 Age6 Age8 Age10
9 6 7 4 8
.
.
.
- ''Tomaru, M.'', Oguma, Y. & Watada, M. 2005. Courtship in '''Drosophila quadrilineata''' with a unique male behavioral element, abdomen bending. Journal of Ethology. published online 12 October 2005.[[doi: 10.1007/s10164-005-0172-4:http://dx.doi.org/10.1007/s10164-005-0172-4]]
*ESS [#s80ba893]
** 03 Oct 2005 [#q15bf9ff]
iESS起動
M-x R
コマンド入力後
C-c C-j
C-m (改行)
で、1行ずつコマンドを実行する。
*コマンドメモ (30 March 2004) [#ve4bd0d4]
> q() ← quit
> source("commands.R") ← コマンドを書き込んだソースを読み実行
> sink("out.txt") ← ファイルに出力
> sink() ← 出力をコンソールに戻す
> objects() ← 現在あるオブジェクトを表示
> mydata <- read.table("data.txt", header=TRUE) ← ファイルからデータを読み込む
> library(ctest) ← ライブラリを使う
> t.test(A, B) ← t検定(unpaired)。※ A、Bにはデータを入れておく
> var.test(A, B) ← F検定
> t.test(A, B, var.equal=TRUE) ← t検定、等分散
> wilcox.test(A, B) ← U検定(=Wilcoxon test)
> ks.test(A, B) ← Kolmogorov-Smirnov test
> getwd() ← working directoryの表示
> setwd("c:/cygwin/home/tomaru/stats") ← working directoryの変更
*Rのリンク [#fd0daed0]
|Today:&counter(today); |Yesterday:&counter(yesterday); |Total:&counter(); since 04 April 2006|