R のバックアップソース(No.2)

#contents

*survival analysis (11 April 2004)[#h9e1c007]

ショウジョウバエの配偶行動を見るときに、観察時間内に交尾しないものがある。そこで、交尾したものを「dead」、交尾しなかったものを「survive」とみなしてsurvival analysisを行う。

Kaplan-Meier estimatorを計算
 > library(survival)
 > mydata <- read.table("data.txt", header=TRUE)
 > mydata
 > sink("out.txt")
 > myfit <- survfit( Surv(Time, Copl)~Age, data=mydata)
 > myfit
 > summary(myfit)

プロット
 > plot(myfit)

Log Rank test
 > survdiff( Surv(Time, Copl)~Age, data=mydata)

データの形式~
Copl=1は交尾。Copl=0は交尾せず（ここでは観察時間が120）。
 Age	Time	Copl
 2	41	1
 .
 .
 .
 2     120      0
 .
 .
 .

- ''Tomaru, M.'', Oguma, Y. & Watada, M. 2005. Courtship in '''Drosophila quadrilineata''' with a unique male behavioral element, abdomen bending. Journal of Ethology. published online 12 October 2005.[[doi: 10.1007/s10164-005-0172-4:http://dx.doi.org/10.1007/s10164-005-0172-4]]

*Contingency Table [#t9c03134]
**Fisher test (03 Oct 2005) [#te11009a]
 > mydata <- matrix(c(4,6,3,4), nr=2)
 > fisher.test(mydata)


*ノンパラメトリック検定 [#t1badf9b]

**Kruskal-Wallis test (09 May 2004) [#a267b855]

3つ以上の$Ageの$Durationについて検定。Kruskal-Wallis検定の後に、ペアワイズでWilcoxon Rank Sum Test（＝U検定）をする。おまけで最後に分散分析。
 > sink("out.txt")
 > mydata2 <- read.table("data2.txt", header=TRUE)
 > mydata2
 > summary(mydata2)
 > kruskal.test(mydata2$Duration, mydata2$Age)
 > pairwise.wilcox.test(mydata2$Duration~mydata2$Age)
 > summary(aov(mydata2$Duration~mydata2$Age))

データの形式
 Age Duration 
 Age2      6
 .
 .
 .

- ''Tomaru, M.'', Oguma, Y. & Watada, M. 2005. Courtship in '''Drosophila quadrilineata''' with a unique male behavioral element, abdomen bending. Journal of Ethology. published online 12 October 2005.[[doi: 10.1007/s10164-005-0172-4:http://dx.doi.org/10.1007/s10164-005-0172-4]]

*パラメトリック検定 [#ta052279]

*データのまとめ (09 May 2004) [#xaf6ba55]

各$Ageの$Durationについて、
データのまとめ、平均、標準偏差の出力。~
 > sink("out.txt")
 > mydata <- read.table("data.txt", header=TRUE, fill=TRUE)
 > mydata
 > summary(mydata)
 > mean(mydata, na.rm=TRUE)
 > sd(mydata, na.rm=TRUE)

データの形式
 Age2 Age4 Age6 Age8 Age10
 9    6    7    4    8
 .
 .
 .

- ''Tomaru, M.'', Oguma, Y. & Watada, M. 2005. Courtship in '''Drosophila quadrilineata''' with a unique male behavioral element, abdomen bending. Journal of Ethology. published online 12 October 2005.[[doi: 10.1007/s10164-005-0172-4:http://dx.doi.org/10.1007/s10164-005-0172-4]]

*ESS [#s80ba893]

** 03 Oct 2005 [#q15bf9ff]
iESS起動
 M-x R
コマンド入力後
 C-c C-j
 C-m （改行）
で、１行ずつコマンドを実行する。

*コマンドメモ (30 March 2004) [#ve4bd0d4]
 > q() ← quit
 > source("commands.R")  ← コマンドを書き込んだソースを読み実行
 > sink("out.txt") ← ファイルに出力
 > sink() ← 出力をコンソールに戻す
 > objects() ← 現在あるオブジェクトを表示
 > mydata <- read.table("data.txt", header=TRUE) ← ファイルからデータを読み込む
 > library(ctest) ← ライブラリを使う
 > t.test(A, B) ← t検定（unpaired）。※ A、Bにはデータを入れておく
 > var.test(A, B) ← F検定
 > t.test(A, B, var.equal=TRUE) ← t検定、等分散
 > wilcox.test(A, B) ← U検定（＝Wilcoxon test）
 > ks.test(A, B) ← Kolmogorov-Smirnov test
 > getwd() ← working directoryの表示
 > setwd("c:/cygwin/home/tomaru/stats") ← working directoryの変更

*Rのリンク [#fd0daed0]